Rozhodující podíl na geologické stavbě území CHKO mají horniny moldanubika. Moldanubikum budují metamorfované série převážně prekambrického stáří a variské hlubinné vyvřeliny. Převážnou část území CHKO tvoří granulitový masiv Blanského lesa. Ploše uložená čočka oválného tvaru o velikosti 22 x 14 km s odhadovanou mocností 1, 5 km je tvořena převážně slídnatým granulitem, který doprovází světlý a pyroxenický granulit.
V centrální části masivu jsou rozšířena částečně serpentinizovaná ultrabazika – hadce, s nimiž jsou sdružena velmi drobná tělesa eklogitických hornin a pyroxenitů. V okolí Křemže je na terciérní zvětraliny těchto hornin vázáno ložisko niklu. Místy vystupují žíly dvojslídné turmalitické žuly. U Nové Vsi je pegmatitová čočka s lithnou partií. Na severním svahu Kletě je ojedinělá čočka granát-pyroxenického skarnu.
Jižní a jihovýchodní část CHKO je budována horninami pestré tzv. českokrumlovské série, v níž se střídají krystalické vápence, amfibolity, grafitické horniny a erlány. Podél západní hranice CHKO mezi Vodicemi a Dobročkovem probíhá východním okrajem tektonické Lhenické brázdy pruh hadců a amfibolitů. V severní části území se vyskytují vltavíny. Severovýchodní okraj oblasti zasahuje do Českobudějovické pánve, kterou vyplňují především miocenní sedimenty. Kvartérní pokryvy tvoří zejména svahoviny, podél severní hranice jsou rozšířeny také pleistocenní prachovce a sprašové hlíny.

ZDROJ:AOPK ČR